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Devlog · M3b 收官三件：U-M3b-04 / 05 / 06（2026-10-04）

Source: vignettes/articles/devlog-2026-10-04-M3b-close.qmd

状态：交付完成，M3b 6/6 待终审确认后正式勾选 ROADMAP（本单元不 git commit；设计备忘 2026-10-04-M3b-design-memo.md §5 切分表 + PI 裁决三分为实现锚）。 输入锚：src/rust/src/calibrate.rs（U-M3b-03 纯核 + ms_calibration_grid_rust FFI，含 verdict 字段）、engine/resample.rs::nb_sample（U-M3b-01）、fit.rs BCa 面（U-M3b-02）、R/fit.R（ms_fit / ms_fit_bootstrap 装配惯例）。

U-M3b-04 · R 面装配（R/calibrate.R，PASS）

  • ms_calibration_grid(sigs, n_grid, shares, m, n_boot, bca, n_threads, seed, n_samples, nb_size, arm, window) -> data.frame：198-cell 概念网格的单字典扫面（n_grid-major × shares cell 序）——列 n / share / cell / mean_coverage / se / n_reps / pass_window / true_zero / false_keep / false_zero / kept_covered / kept_missed；协议回显（window/arm/bca/n_boot/seed/n_samples/nb_size/n_grid/shares）随 attributes。m = 备忘的 M（每 cell MC reps，冻结协议 2000 → 4SE 窗 [0.930, 0.970]）。
  • ms_calibration_verdict(calibration, window) -> list：核侧 calibration_verdict 的纯 R 孪生——含端点窗成员、all_in_window、per_cell_in、1-based failing_cells；测试断言与内核 pass_window 逐位相等（.ms_bh_adjust 孪生纪律）。
  • **R 面校验（先行层，msuiter_error_*）：sigs 矩阵 finite/非负、n_grid 正整数严格递增**（R 面曲线契约，严于内核）、share∈[0,1] finite、m/n_samples 正整数 i32 域、bca/arm/window 门（arm 三形 multinomial/poisson/nb:<κ>）；.ms_calibration_grid_rust wrapper 走 t(sigs) 布局契约 + .msffi_check。
  • 测试（tests/testthat/test-calibrate.R，9 testthat 块全绿）：小网格 2×2×3 装配形状/列序/tally 代数（se = √(p(1−p)/6) 解析对位）、孪生 verdict 逐位、threads∈{1,2} identical + seed 确定性 + 异 seed 移动、bca/poisson/nb:8 臂回显、错误路径 ~30 条（全部 msuiter_error_* 结构化）、FFI 边界 NA→na 层。
  • 偏离契约：无。_rust 名不进用户承诺面（ffi-surface 既有行未动；L-H 表只记四个用户 API）。

U-M3b-05 · 曲线判据可视化（R/calibrate-plot.R，PASS）

  • plot_calibration_curve(calibration_df, window, se) -> ggplot：coverage vs N（log x、CoordCartesian y∈[0,1]、0.95 虚线参考）、判据窗灰带（annotate rect，有限带边避开 log10 对 ±Inf 的 NaN 变换警告）、逐 cell 二项误差棒、按 share 分面、pass_window == FALSE 格红叉标记层（不重判，只标记内核列）——CAPABILITY-MATRIX 清单第 7 条「覆盖率曲线作为一等可视化」首面。
  • 测试（test-calibrate-plot.R，4 块全绿）：图层结构断言（GeomRect/Errorbar/Line/Point、FacetWrap、双 panel、轴标签）、失败格增层 + se=FALSE 去层、真实小网格集成 + ggsave 非空 PNG、错误路径。
  • 偏离契约（记入 devlog，待终审）：任务书称「ggplot2 已在 Imports」——实际 DESCRIPTION Imports 仅 S7/rlang。按零新增硬依赖纪律落 Suggests + 调用时 requireNamespace 惰性守卫（缺席 → msuiter_error_package）。

U-M3b-06 · real-data sanity harness（R/calibrate-real.R + inst/sanity/README.md，PASS）

  • ms_calibration_sanity(catalog_real, sigs_real, n_boot, bca, dilution_sizes, n_dilutions, synthetic, tolerance, seed, nb_size, n_threads) -> ms_calibration_sanity：生产面全量拟合（likelihood_bidirectional / 0.01 / rescale）→ 声明 pseudo-truth → 降采样稀释 Multinomial(N, counts_j/total_j)（K 轴 {100, 1000, 10000} 默认；base R rmultinom 固定序 + RNG 状态进出恢复）→ 逐级生产面 + CI（percentile/BCa）→ S(N) = 稀释 CI 对稀释后 pseudo-truth（share ≥ 0.05 内点）的覆盖率 → 验收：与合成主臂曲线同 N 差 ±0.05（或 [0.90,1.00] 地板，取宽者之并）∧ 无系统性单调反转（>容差步降过半数为 systematic）。
  • 协议文档（inst/sanity/README.md）：非声明纪律（sanity 永不写成 calibration 证据）、PCAWG WGS 十分位 ≥20 例主（WTSI/ICGC 公开矩阵路径 + 治理：只取聚合 channel counts、快照日期入分析日志、目录不入库）、TCGA GDC open WXS 副（治理最净、TMB 天花板、WES/panel 轴推迟 M4）、用法 sketch、D13 措辞禁令。真实数据零下载零提交（本单元仅有合成 fixture 测试）。
  • 测试（test-calibrate-real.R，8 块全绿）：合成小例端到端 PASS（S 钉 1,1；seed 鲁棒）+ 混合签名 FAIL 臂（S 0.92→0.67：within FALSE + systematic inversion）、确定性 + RNG 状态恢复、±0.05 双向 + 地板并集、死样本记账、单调门/窗门纯函数直钉（二进制精确 dyadic 值）、错误路径 ~15 条。
  • 实现期修正（自纠，测试钉位）：S(N) 尺度对齐——稀释 CI 在稀释计数尺度，pseudo-truth 必须同深度稀释（factor = N/total_j，多项恰守恒）后比较。

收口声明

  • M3b 六单元 6/6 交付在位：U-M3b-01 NB 原语（resample.rs）、02 BCa+FFI（fit.rs）、03 校准驱动（calibrate.rs + ffi-surface diagnostic 档）、04 R 面装配、05 曲线可视化、06 sanity harness。
  • 验收：devtools::test() 全绿（30 套件 0 失败，基线 2577 + 新增 3 套件 calibrate/calibrate-plot/calibrate-real）；R CMD build exit 0 + check（–no-manual，本机无 TeX）NOTE 收敛至 1（License + file LICENSE 项为 DESCRIPTION 既有口径，非本单元引入，不动治理面）；docs-sync 绿（四个新 API 已入 L-H 表 + ARCH §5 MSU-Fit 行补记，44 项 0 drift）；check-dep-direction 绿；ffi-surface 漂移守卫不动（无新 Rust 导出）。
  • 收口顺手修（Rd 卫生，服务于 ≤1 NOTE）：(a) 本单元 ms_calibration_grid Rd 的 StreamId{...} 花括号与 (b) U-M3b-02 遗留的 ms_fit_bootstrap Rd Phi^{-1}(#{boot < point}/B) 花括号按 Rd 转义修复（\{），Rd2HTML/checkRd 双双零告警；(c) plot_calibration_curve 以 @importFrom rlang .data 消除「no visible binding」NOTE（rlang 本在 Imports，零新依赖）。
  • 环境注记（2026-10-04 本机）：CLT SDK 于当日更新致 MacOSX.sdk 悬空别名 + clang 17/SDK 27 tbd 失配——R CMD 构建须 SDKROOT=MacOSX26.5.sdk；pdflatex 缺失故 check 用 --no-manual（均为环境事实，非包缺陷；CI/终审机如 TeX 齐全可直接全量 check）。
  • 遗留（不阻塞，留给终审/M4）：(a) 分层 calibrated-percentile 升级臂未触发（主臂在窗，阶梯第 2 步无实装需求——设计备忘 §2.3 保留）；(b) 真实 PCAWG/TCGA 目录的实际 sanity 运行待数据到位（协议就绪，governance 记录随首次运行补 devlog）；(c) G2 统计学 co-author 门为 ROADMAP 独立条目，非本三件范围；(d) 任务书「ggplot2 在 Imports」与仓库事实不符，已按 Suggests 纪律处理（见 U-M3b-05 节）；(e) sitrep「not yet」口径同步为实验面已交付（ms_sitrep 文案更新，测试语义 planned|M3b 不变仍绿）。
  • ROADMAP M3b 勾选待终审确认——本文件为关闭依据，不代勾。