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Devlog · U-M1s-12 审核 + U-M1s-13 正式化 + M1s 验收门 bench（2026-09-30）

Source: vignettes/articles/devlog-2026-09-30-M1s-13-bench.qmd

U-M1s-12 审核（REVISE 1×P1 → 已修）

  • 代码行为全部验证正确：转置契约三重防线（双侧非对称冒烟 + 标签装配 + 负元 i/j 坐标穿透）、展示归一装配层切分（WH 重构漂移 1.47e-16）、注册表 certified 落实、D16 默认路径诚实标注。
  • P1（已修）：布局契约恒等式三处写错（extract.rs / lib.rs / ffi-surface.md 冻结协议）——data[j*m+i] 应为 data[i*n+j]（对 t(counts) 的 n×m 列主序缓冲）。代码正确，纯文档缺陷，但书面契约在冻结工件里会误导后来者实现出它本欲防止的转置 bug。实证反例：m=2,n=3 时 counts[1,0] 实存 data[0*3+1]。

U-M1s-13 夹具正式化

  • helper 双份拷贝收拢至共享 helper-tally.R（行为零变化，testthat 全绿）；tools/refresh-fixtures.sh 一键再生成入口（channel 表/kl-crosscheck 输入实测字节级幂等，MSUITER_FIXTURES_ONLY=1 门控加入 run_experiment.R 且默认行为逐字节不变）。

M1s 验收门 bench（bench/m1s/，一键复跑）

正确性锚（最重要）：10⁶ 合成变异 SPMG vs ms_tally SBS96 矩阵逐格差 = 0。

预算行 判据 实测 结论
SBS96 目录 10⁶ ≥50× SPMG 且 <5s 2.6×（3.73s vs 9.82s）；<5s ✓ 速度 FAIL
NMF KL 96×1000 k=10 T=100 ≥100× R NMF 2.3×（205ms vs brunet 0.47s C 核） FAIL
批量 NNLS 101×10³ ≥10× scipy 1.8×（解正确 3.8e-11） FAIL

根因（PI 复核）：预算倍数写于未实测基线——R NMF brunet 是 C 内核、scipy 是原生 C、SPMG 1.3.6 干净输入是 numpy 向量化。“对 C 内核再快 100×”从不是可辩护声明；“比参考 C 内核快 2.3×”本身即是强结果。50× 口径或对真实基因组+全管线 SPMG 成立（dense 臂 SPMG 46s），但合成干净输入口径下不成立。→ 预算口径重校准待作者裁决（触及 ROADMAP 验收措辞，PI 不单方面改宪法级文档）。

P0 级发现（M1c 裁决项）

  1. DBS 成员计入 SBS96：审计所锚上游 master 行为不符 【2026-09-30 ID83 备忘勘误】 函数级 diff 证明 master 与 v1.3.6 均双重计入（SBS 循环对 SNV 全量计数、无 dinuc 排除）——我方的排除是对所有 SPMG 版本的 deliberate divergence（更合理、有审计依据），文档声明即 parity 口径；除该策略外路由双侧完全一致。另 ID83 备忘发现 PR #256 修复了 v1.3.6 的 SBS bias 索引 bug（真实基因组 + 转录注解下 SBS192/384 与 1.3.6 分叉；M1s bench 平注解合成基因组掩盖了该项）——真实基因组 bench 列入 M1c/M7 清单。详见 vignettes/articles/devlog-2026-09-30-ID83-design-memo.qmd。
  2. SPMG 1.3.6 丢弃完全重复记录（sample 盲整行比较）——我方无去重语义，M1c 定策略。
  3. SPMG CHECKSUMS 白名单使自定义基因组不可用 → 运行时注册本地 md5 绕过（零上游文件改动）——真实 SPMG 基线成立，无外推数字。
  4. SPMG <vcf_dir>/input/ 转换缓存静默复用陈旧记录——spmg_run.py 已每次清除。

状态

  • 电池：Rust 12 套件双工具链绿、testthat 1342+、check 0/0/1NOTE。
  • M1s：13/14 单元 + bench 已跑；验收门 = 预算口径裁决 + （可选）并行 tally 优化 + sigminer/MP 玩具交叉验证。

PI 裁决（2026-10-05）：方案 A 采纳

速度预算口径按实测 C 基线重校准（目录 2.6× SPMG / NMF 2.3× brunet / NNLS 1.8× scipy）；原 50×/100×/10× 修辞移至朴素 R/Python 实现口径（全管线 dense 臂 SPMG 46s 口径 50× 或成立，钉硬件 bench 复核）。M1s 14/14 关闭。