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- FFI
ms_extract_rust（kernel 层）：单次种子化 KL/EU 拟合（StreamId::ZERO），布局契约 = R 传 t(counts)；中断决策 = 单 fit 有界时长、max_iter 内不可中断（文档化取舍）；引擎变体开关（kl/eu）进 FFI 防静默降级。
- R 侧：
ms_nmf(engine="kl"/"eu", max_iter, seed) 工厂（MsNmf spec，certified 注册，幂等助手）+ ms_extract(catalog, k, method) 泛型（对象一等公民 + “nmf” 糖 + NULL 默认）→ MsSignature 装配（catalog_summary 快照 + 展示归一：W 列归 1、H 同因子缩放保 WH——文档化）。工作流文法第三环贯通：ms_variants() |> ms_tally() |> ms_extract()。
- 电池：Rust 200 双工具链、testthat 1342、Cargo.lock 零变化。
- 偏离记录：signatures m×k（简报笔误纠正）；engine 参数进 FFI（防 eu 静默降级）；超参用原子属性（S7+codoc 兼容）。
U-M1s-14 KL 对拍：PASS——数值协议等价成立（A8/D11 记录）
- 方案 A（外部初始化直跑随包入口，方案 B/C 不必要）：NMF 0.28 brunet 为 C 内核，
seed= 接受 NMF 模型外部 init；四探针强制有效性（maxIter=0 逐位保真、恰 T 步、停用早停、前缀性质自证）。
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关键发现（方法论）：本平台 R 的 17 位十进制串→double 解析可差 1 ulp → 交换格式改用二进分数短精确十进制串，两侧 identical() 断言。
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数字：‖ΔW‖F/‖W_R‖F = 1.1e-15–6.4e-15（T=50/200、三案例），比 1e-10 门槛低 5 个数量级；H 同量级。case1 轨迹首分歧 t=86 = R log vs Rust ln 的 1-ulp 实现差（状态无分歧，t=80 检查点 W/H 相对差 2.7e-15，误差传播界全程 PASS）。
- 副产物发现：brunet 每 10 步 pmax(·,2.2e-16) 底板（我方无，贡献 ≤1e-15）；R nmf() 拒绝整零行/整零列崩溃而我方 ε 策略保持有限——真实低 TMB 形态用低计数样本替代。
- 交付：tools/kl-crosscheck/（一键复跑、失败非零退出、清空 outputs 重跑字节级一致）。
审核轮（U-M1s-11 + 跨样本 P1 修复）：PASS
- P1 修复”教科书级”：语义出处→双层回归→golden 未变的邻接审计可独立复算；装配层”无损”是可证伪契约（直接 FFI 对拍 + 手推格值 + hash==hash(labels) 三重钉死）。
- P3×3 备忘（provenance 键冲突优先级注记、跨模式 hash 负例、helper 双份拷贝 dedupe）——顺延清单。
PI 集成清理
- tools/kl-crosscheck/driver/target 构建产物污染 tarball（check 1W/3N）→ .gitignore/.Rbuildignore 双排除 + cargo clean。
- sitrep 文案更新（NMF 已可用、NNLS planned）+ 测试断言同步。
- 基线恢复：testthat 1342 / check 0 error 0 warning 1 NOTE。
M1s 状态：13/14
- 剩：U-M1s-13 夹具基建（实质已吸收进各单元测试与 channel-reference 体系，收尾即正式化）+ M1s 验收门：钉硬件性能 bench（目录 ≥50× SPMG、NMF ≥100× R NMF——U-M1s-14 的对拍基建可直接复用测吞吐）。
- 之后进 M1s 验收 → r-universe 发布准备（v0.1 发布门）。