Skip to contents

Devlog · U-M1s-09/10/11 组装层 + 审计修复（2026-09-30）

Source: vignettes/articles/devlog-2026-09-30-M1s-09-10-11.qmd

交付

  • U-M1s-09 ms_tally_rust（FFI）：纯 Rust 组装核（排序→MNV 路由→2bit context→五表计数+ledger）+ FFI 导出（列主序进出、mmap 唯一 unsafe 位、逐分区中断轮询）。装配层新 skip 码：unknown_chrom / n_context（±2 窗 N，SPMG parity——sbs.rs 文档指派的调用方职责落地）/ n_dinuc / ref_mismatch / context_bounds。
  • U-M1s-10 ms_variants()（R 输入层）：S7 泛型三分发（VCF/gz、TSV、MAF 路径 + data.frame 直构）；多等位展开、<NON_REF>/breakend skip 计数、MAF Variant_Classification skip 统计、FILTER/caller/matched_normal/vaf_floor 体细胞信号透传；BCF 显式拒绝；构造器内部化 ms_variants_from_table()（唯一校验汇点）。
  • U-M1s-11 ms_tally()（装配）：五模式（SBS96/192/384/1536/DBS78）→ .ms_tally_rust 单开关调用 → ms_catalog() 装配（labels 行名/hash 自动派生/ledger 与透传 provenance）；strand 政策（192 无 strand 结构化错误不可降级、384 默认 N）；五模式逐格无损对拍 + provenance/hash 断言。

审核（09/10：REVISE 1×P1 + 4×P2 → 全部修复；11 随批）

  • P1（语义级）跨样本 DBS 误配对：排序无样本维度致 cohort 模式下 S1/S2 相邻 SNV 被配成 DBS、两条 SBS 消失（SPMG dinuc 检测是单样本内的）。修复：分区改 (chrom, sample) 二元组 + 双层回归测试；golden 逐字节未变（金标批无跨样本相邻对——诚实核验而非侥幸）。可观察合法变化：中断轮询边界逐 (chrom,sample) run（polls 3→4 已如实更新）。
  • P2：io read.table 裸 simpleError → msuiter_error_parse；中断 mmap 地址空间保留至进程退出（U-M0-09 冻结限制）文档化于 lib.rs + ffi-surface（C-trampoline 硬化顺延 M8/CI）；MAF Silent/Splice_Site 对齐 SPMG 默认过滤；ffi-surface:38 过期承诺改为如实状态（helper 统一顺延 M1s 收尾）。
  • P3（11 的被锁项）：validator 接受 0 列 catalog（NULL colnames ≡ character(0)）→ 空队列全零 MsCatalog 可达，SBS192 空队列免 strand 分支打通。

状态

  • 工作流文法前两环贯通：ms_variants() |> ms_tally() 端到端（VCF→2bit→MsCatalog）。
  • 电池：Rust 12 套件双工具链、testthat 1187 PASS、check 0/0/1NOTE、docs-sync 绿。
  • 遗留：helper 统一（M1s 收尾小单元）；C-trampoline（M8/CI）；U-M1s-12 ms_extract() 单方法 + U-M1s-14 KL 对拍 = M1s 收尾两单元。