做了什么
- 七类落地（
R/classes-{utils,variants,catalog,signature,fit,refdb,engines,benchmark}.R）：MsVariants（必需列/坐标/anyNA/somaticness 信号：caller+matched_normal+vaf_floor+FILTER 透传）、MsCatalog（counts+通道注册表快照，维度/标签/非负/anyNA）、MsSignature（catalog_summary 快照摘要：n_channels/n_samples/channel_name/channel_hash/build，绝不内嵌 MsCatalog）、MsFit（reference_summary）、MsRefDb（8 治理字段；NA build 仅允许 build_independent=TRUE，A13）、MsEngine（抽象 spec）、MsBenchmark。构造器 + print/format 一行摘要；未预挂分析泛型（属 M1s+）。 - 错误纪律（§3.5/A14）：全部违规路径
rlang::abort+msuiter_error_<topic>+ i/j/c 三段 payload；禁裸 stop() 连程序员错误路径也执行（msuiter_error_internal）。 - DESCRIPTION：Imports S7+rlang、Suggests testthat ≥3.0.0、Collate 穷尽 11 个 R 文件（R 规则：Collate 存在必须列全）；zzz.R 接
S7::methods_register()。 - 测试 564 PASS（含并行单元文件）：坏输入/边界/错误 class 断言、saveRDS→readRDS 全泛型行为、快照摘要结构断言（无 counts、object.size 更小）、无 .state/externalptr/句柄（D12/A5）。
关键决策（PI 裁决，契约引用）
-
R/ 子目录不可安装（WRE §1.1.5 只装顶层 .R 文件）→ 实现代理先做了”规范目录+生成桥接+漂移测试”，PI 裁决改平铺前缀命名
classes-*.R+ Collate 定序，删桥接机制；ARCH §3.1 加实现注记，未来 section 一律<section>-<topic>.R，依赖方向规则由静态架构测试强制（M2 承接）。集成时还发现 Collate 必须穷尽 R/ 全部文件（漏列 3 个包级文件曾致 install ERROR）。 - 通道表哈希 = 长度前缀 UTF-8 载荷写临时文件 +
tools::md5sum（base 依赖、跨会话确定、长度前缀防拼接碰撞）；refdb 侧用 SHA-256——两处算法不一致已备忘（devlog 遗留）。 - S7 0.2.2 实测与 research/06 蓝图的差异已记录：property default 只接受字面实例、
set_props参数名.check。
审核（3 轮，联合 U-M0-05/06）
第 1 轮 REVISE（RNG golden 交叉验证缺独立工件、zzz.R 过时注释、ms_signature 示例伪造 hash、SPP 基准未入库）→ 修复；第 2 轮 REVISE（RNG 输出位约定，见 U-M0-06 devlog）→ 修复；第 3 轮 PASS（2 条不阻塞 P2：ARCH §2 rng.rs 注释漂移已顺手修；md5sum 临时文件热路径备忘）。
遗留
- md5sum 若未来进热路径需换实现（当前只在 API 边界，终审已判定可接受）。
- 通道哈希（MD5）与 refdb（SHA-256）算法统一决策留 M3a refdb 设计时收口。
- ARCH/ROADMAP 已勾选；本单元未单独 commit（随 W2 整轮由用户决定）。