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Devlog · U-M0-02 M0 spike（2026-09-28）

Source: vignettes/articles/devlog-2026-09-28-M0-02.qmd

结果（全部实测数字）

  1. vendor 体积：22 crates / 970 文件——未压缩 10,674,351 B、tar 13,832,192 B、xz 1,125,136 B ≈ 1.07 MiB（xz 版本敏感 ±0.1%，漂移门设容差；未压缩/tar 两口径逐字节可复现）≫ 低于 CRAN 5 MB 指导线 → 依赖预算不触发收缩（ADR 0002）。
  2. offline / CRAN 模式：CARGO_NET_OFFLINE=true vendor 构建绿；Makevars vendor.tar.xz 接线 R CMD INSTALL（-j 2 --offline --release + rust_clean）stable 与 1.71 双工具链全通，安装后 library(msuiter) 加载 OK。产物不入库，发布期 tools/vendor.sh 再生成（ADR 0002 §3.3）。
  3. MSRV 1.71 证明：基线失败——matrixmultiply 0.3.11 声明 rust-version 1.75.0（确切错误已录 ADR 0002 §4.1）→ lock 钉版 0.3.9（不放宽 MSRV）→ 1.71 冷构建 + CRAN 模式全绿。维护约束：Cargo.lock 保持 v3（v4 需 cargo ≥1.78）；钉版保护进 CI。
  4. twobit 两案裁决：crate 0.2.2（MIT、零运行时依赖、内建大端反 magic 检测、TwoBitFile::from_buf(&mmap) 即 Cursor<Mmap> 形态）vs 自研 244 行原型——7 条测试：{LE,BE}×{crate,自研}×独立真值逐位 + 双 reader 互检 + 真实 mmap + 坏 magic 拒绝，stable 1.97.1 与 1.71.0 双跑全绿 → 裁决选 crate（ADR 0001；synthesis §4 末条”默认倾向 crate”被证据确认）。实验 crate 入库 tools/spike/twobit-spike/（独立 [workspace] 隔离、无嵌套 .git、.Rbuildignore 排除出 R tarball）。
  5. 依赖预算变化：twobit 0.2.2 入 workspace + catalog manifest（D7 预留位经 ADR 解锁，其余预算不动）。

关键决策（契约引用）

  • D7 两案裁决落地；MSRV 1.71 成立（D4/§2，代价 = 一条 lock 钉版）；byte-swap/大端验证口径 = 同一逻辑内容的 LE/BE 双布局文件被逐位一致解析（大端主机正确性的可检验代理，BE 夹具为真实字节翻转文件而非开关）。
  • 实验中发现的语义修正：UCSC 2bit 索引 nameSize = 1 字节（非 u32）——crate 实现正确、夹具初版有误已修正，留痕 ADR 0001 §3。

验收（【工程】逐条）

ADR ×2 落盘含可复现数据；offline 构建证明；1.71 构建结论明确（含失败路径与钉版）；双端逐位测试通过；spike 后 workspace cargo test/clippy/deny 全绿。

审核（3 轮，与 U-M0-01 联合）

终轮 PASS。审核员独立复现全部数字（vendor 三口径、7/7 spike 测试双工具链、CRAN 模式安装）；指出并已修：ADR 0002 测试计数笔误（7/7→1 passed）、criterion dev-dep 声明失实（已删，spike 实无 dev-deps）、自研行数三处统一 244、spike 嵌套 .git 已除。

遗留

  • rustc 1.71 × Linux/Windows 构建证明 → U-M0-07 CI 矩阵（ADR 0002 §5 显式残留）。
  • paste（RUSTSEC-2024-0421，经 extendr-api 传递）复查钩子 → U-M0-08 CONTRIBUTING 升级检查单。
  • 本机复现坑：~/.Renviron 注入 conda PATH 使 R 子进程内 cargo 1.92 遮蔽 1.71 工具链（MSRV 验证需 R_ENVIRON_USER 覆盖 + 工具链 PATH 前置）；CI 镜像无此问题（ADR 0002 §4.4）。
  • 本单元全部工作未 git commit（等用户指示）。