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Devlog · G0 先导覆盖实验——PI 裁决与待冻结项（2026-09-28）

Source: vignettes/articles/devlog-2026-09-28-G0-pi-adjudication.qmd

输入：devlog-2026-09-28-G0-protocol-memo.qmd（方法学草案）+ devlog-2026-09-28-G0-realism-memo.qmd（现实性审查，独立撰写）。两备忘结论一致性高，PI 裁决合并如下。G0 执行权在作者本人（ROADMAP 组织行动门）；“待作者冻结”项落定前不开跑。

✅ FROZEN（F1–F4，2026-09-28 作者拍板”按建议冻结”）：F1 判定阈值（支持 A = −10pp 线 / kill→B = −5pp 线）、F2 工具对（sigfit v2.2.0 + signature.tools.lib v2.5.2）、F3 真值集与目录（SBS1/2/13/5/40 @ 15/15/15/30/25% + COSMIC v3.6 SBS96 GRCh37 全 101 签名）均按建议定稿；F4 时间戳 = 本文档 commit（2026-09-28）。协议自此刻起不可回调（预注册纪律）。F5（执行环境）待作者指定——竞品环境无关的 harness 部分（模拟生成/覆盖率计算/自校验）即日开建。

PI 已裁决（采纳）

  1. 工具解读（协议备忘 Q1）：ROADMAP”2 个竞品工具”= 2 个带区间输出的工具作覆盖裁定对——Tier-1 = sigfit v2.2.0（后验派最强竞品假设；HPD + 清零规则照用，另报 raw 列归因失准来源）+ signature.tools.lib v2.5.2（bootstrap 派主流，nboot=200）。MuSiCal / SigProfilerAssignment / mSigAct 归 Tier-0 分类证据（“领域最主流两工具根本不输出 exposure 区间”本身是 Figure-1 素材），不进覆盖矩阵、不触发判定。
  2. estimand（Q2）：绝对 exposure 覆盖为主、成分为辅（对齐 ARCH §5 estimand ②）；sigfit HPD 的”名义 95% 非频率保证”解释性差异在报告中单列。
  3. 场景升级（现实性备忘全采）：TMB 网格 N≈30–10⁶ 几何网格、10²–10⁴ 覆盖率悬崖区 ≥6 点加密（协议原 {100…10000} 上调）；NB 过散臂由”敏感性”升级为必选（nbinom.size=8 语义）；增加 clock 混入臂（purity≈0.4 等效）；真值组合 ≥6 组（clock-only / +APOBEC / +MMR / POLE 超突变 / 平坦三联 SBS1-5-40 / 强签名+平坦背景）；caller 轴固定排除出 G0（两备忘一致；区间覆盖率问题不应与目录生成噪声混淆）；指标以区间覆盖率为中心，禁跨签名平均掩盖 flat 层。
  4. 先例核查结论（现实性备忘）：未发现已发表的同位覆盖评估（最接近的 Medo 2024 明示 CI 覆盖率为 open question）→ G0 叙事未被抢跑；kill criterion”竞品发布校准 CI”的近似形态已现（SigFormer bioRxiv 2026），协议冻结必须带时间戳。
  5. 判定规则框架（协议备忘，D13 纪律）：支持 A = 任一 Tier-1 工具任一 cell ĉ ≤ 0.85（binomial CI 上界 < 0.90）或 flat 层全 N≥300 cell ≤ 0.90；kill→B = 两工具全 N≥300 cell ≥ 0.90 且无单调恶化；gray = borderline cell 加倍 reps 至 400 重判，仍 gray 默认走 B（风险不对称）。
  6. 两周核算：40–52 人工时；关键路径 = sigfit/rstan 编装（Day 3 止损换 signeR）；W1 先做 signature.tools.lib 的 RefSig 兼容检查（ Breast RefSig T1 须含全部真值签名）。

待作者冻结（G0 开跑前置，缺一不开跑）

与 ROADMAP 的关系

  • G0 结果决定论文 Framing A/B（ARCH §10 / D14），是 U-M7-03 论文写作的前置条件；与代码轨道（M0/M1s）完全并行，互不阻塞。
  • G0 属组织行动门，团队可代办的部分（协议起草、场景审查）已完成；执行与判定阈值拍板在作者。

冻结后增补（2026-09-28，PI 采信假设审计备忘的追加动作）

依据 assumption-audit-memo：以下为 harness 诊断列追加，不触碰已冻结的 §“PI 已裁决”判定规则（预注册纪律不受影响）：

  1. NB 敏感性臂追加经验 size 报告列：harness 自有的 χ²₁ presence LRT 在 NB 真值下的经验 size/覆盖一并报告（P3 命题，与 G0 共用种子数据）——同时关掉”多项理想世界”批评。
  2. flat 层结果按 P1 机制 (i) 单列归因：SBS5/40 近重复目录机制的区间失真单独成列，为 M3b 的 P1 机制 (ii)（端到端相关性注入 × 覆盖率网格）提供桥接。
  3. M3b 开工时预注册 P1 为 Cornet 之后 Framing A 强化叙事第一图候选；MSU-LowCount 四件套落笔前修正 “real panel coverage” 措辞（审计备忘 A4 条）。