Virtual class for holding GEO series, samples, platforms, and datasets.
Source:R/class.R
GEOSoft-class.RdVirtual class for holding GEO series, samples, platforms, and datasets.
Usage
# S4 method for class 'GEOSoft'
show(object)
metadata(object)
metadata(object) <- value
# S4 method for class 'GEOSoft'
metadata(object)
# S4 method for class 'GEOSoft'
metadata(object) <- value
accession(object)
accession(object) <- value
# S4 method for class 'GEOSoft'
accession(object)
# S4 method for class 'GEOSoft'
accession(object) <- value
rcd_type(object)
rcd_type(object) <- value
# S4 method for class 'GEOSoft'
rcd_type(object)
# S4 method for class 'GEOSoft'
rcd_type(object) <- value
rcd_name(object)
rcd_name(object) <- value
# S4 method for class 'GEOSoft'
rcd_name(object)
# S4 method for class 'GEOSoft'
rcd_name(object) <- value
columns(object)
columns(object) <- value
# S4 method for class 'GEOSoft'
columns(object)
# S4 method for class 'GEOSoft'
columns(object) <- value
datatable(object)
datatable(object) <- value
# S4 method for class 'GEOSoft'
datatable(object)
# S4 method for class 'GEOSoft'
datatable(object) <- value
gsm(object)
gsm(object) <- value
# S4 method for class 'GEOPlatform'
gsm(object)
# S4 method for class 'GEOPlatform'
gsm(object) <- value
gse(object)
gse(object) <- value
# S4 method for class 'GEOPlatform'
gse(object)
# S4 method for class 'GEOPlatform'
gse(object) <- value
# S4 method for class 'GEOSeries'
gsm(object)
# S4 method for class 'GEOSeries'
gsm(object) <- value
gpl(object)
gpl(object) <- value
# S4 method for class 'GEOSeries'
gpl(object)
# S4 method for class 'GEOSeries'
gpl(object) <- valueSlots
metadata:a
list, containing the header metadata informations.rcd_typeA
characterindicating the type of record (e.g., Platform, Sample, Series, Datasets).rcd_nameA
characterrepresenting the name associated with the record (e.g., the GEO dataset name). It usually matches theaccession, but may differ in some cases.accession:a
charactergiving the geo accession id of current GEO series, samples, platforms, and datasets.columns:A
data.framegives thedatatableheader descriptions. The rownmaes of thisdata.frameshould be the same with the column names of slotdatatable.datatable:A
data.frameshows the data information.gsm:a list of
GEOSoftobject containg the samples information of current GEO platform.gse:a list of
GEOSoftobject containg the series information of current GEO platform.gpl:a list of
GEOSoftobject containg the platforms information of current GEO series.
Examples
# \donttest{
gse <- geo_soft("GSE10", odir = tempdir())
#> Downloading 1 file
accession(gse)
#> [1] "GSE10"
gpllist <- gpl(gse)
metadata(gpllist[[1L]])
#> $Platform_title
#> [1] "SAGE:10:NlaIII:Homo sapiens"
#>
#> $Platform_geo_accession
#> [1] "GPL4"
#>
#> $Platform_status
#> [1] "Public on Sep 28 2000"
#>
#> $Platform_submission_date
#> [1] "Sep 28 2000"
#>
#> $Platform_last_update_date
#> [1] "Apr 18 2012"
#>
#> $Platform_technology
#> [1] "SAGE NlaIII"
#>
#> $Platform_distribution
#> [1] "virtual"
#>
#> $Platform_organism
#> [1] "Homo sapiens"
#>
#> $Platform_taxid
#> [1] "9606"
#>
#> $Platform_contact_name
#> [1] ",,GEO"
#>
#> $Platform_contact_country
#> [1] "USA"
#>
#> $Platform_data_row_count
#> [1] "0"
#>
accession(gpllist[[1L]])
#> [1] "GPL4"
columns(gpllist[[1L]])
#> labelDescription
#> TAG tag sequence
#> GI Best GI LINK_PRE:"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term="
datatable(gpllist[[1L]])
#> TAG GI
#> 1 AAAAAAAAAA 23337084
#> 2 AAAAAAAAAC 11976285
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#> 6 AAAAAAAACT 2197282
#> 7 AAAAAAAAGA 10092593
#> 8 AAAAAAAAGT 83175163
#> 9 AAAAAAAATA 20492892
#> 10 AAAAAAAATC 5864725
#> 11 AAAAAAAATG 18027485
#> 12 AAAAAAAATT 5858525
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#> 21 AAAAAAACTG 52201021
#> 22 AAAAAAACTT 18524084
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#> 29 AAAAAAAGTG 22670860
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#> 31 AAAAAAATAC 22274417
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#> 89 AAAAAAGGAG 23544097
#> 90 AAAAAAGGCA 34889412
#> 91 AAAAAAGGCC 21861681
#> 92 AAAAAAGGCT 31445878
#> 93 AAAAAAGGTA 1329131
#> 94 AAAAAAGTAA 20400203
#> 95 AAAAAAGTAC 110624198
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#> 106 AAAAAAGTTT 146113840
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#> 109 AAAAAATAAT 46271613
#> 110 AAAAAATACA 23681278
#> 111 AAAAAATACC 12608837
#> 112 AAAAAATACT 24122794
#> 113 AAAAAATAGA 21117615
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#> 115 AAAAAATATA 6086802
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#> 117 AAAAAATATT 78242548
#> 118 AAAAAATCAA 2995053
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#> 322 AAAAAGGAAC 7281884
#> 323 AAAAAGGAAG 30627434
#> 324 AAAAAGGACA 11097270
#> 325 AAAAAGGACC 1623820
#> 326 AAAAAGGACT 46928863
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#> 12321 AAGCCAGGGA 21180012
#> 12322 AAGCCAGGGG 19598247
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#> 12661 AAGCGCGGTC 11642677
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#> 13355 AAGGACAGCG 15756141
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#> 13357 AAGGACAGGC 24044526
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#> 14728 AAGGTTTGCC 4190792
#> 14729 AAGGTTTGGA 18505479
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#> 15758 AAGTTCAATG 30288541
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#> 18165 AATGAAGCGC 146087948
#> 18166 AATGAAGCGG 1162600
#> 18167 AATGAAGCTG 13134825
#> 18168 AATGAAGGAA 19760298
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#> 18239 AATGACAGCC 9871991
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#> 18244 AATGACAGTT 52299849
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#> 18248 AATGACATCG 52407764
#> 18249 AATGACATCT 15343696
#> 18250 AATGACCAAC 13576791
#> 18251 AATGACCAAT 3677266
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#> 18255 AATGACCATC 15762707
#> 18256 AATGACCATT 22674409
#> 18257 AATGACCCAA 22704245
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#> 18260 AATGACCCTC 23712606
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#> 18271 AATGACGCTC 23690060
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#> 18277 AATGACTAGT 44835293
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#> 18288 AATGACTGCC 3190549
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#> 18367 AATGAGGCCT 10438265
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#> 18371 AATGAGGGAG 10932939
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#> 18374 AATGAGGTAC 27825650
#> 18375 AATGAGGTCT 18784464
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#> 18377 AATGAGGTGC 83089477
#> 18378 AATGAGGTGG 11307977
#> 18379 AATGAGGTGT 18986529
#> 18380 AATGAGGTTG 80821156
#> 18381 AATGAGGTTT 6504220
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#> 18385 AATGAGTAGG 45856461
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#> 18390 AATGAGTGAC 11107229
#> 18391 AATGAGTGCT 19367543
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#> 18401 AATGATAAAA 78564955
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#> 18444 AATGATGAGG 4736868
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#> 18446 AATGATGATG 10855154
#> 18447 AATGATGCAC 18782803
#> 18448 AATGATGCCA 22347842
#> 18449 AATGATGCGA 83228457
#> 18450 AATGATGCTT 22366208
#> 18451 AATGATGGAC 12612024
#> 18452 AATGATGGCC 18528459
#> 18453 AATGATGGCG 24530225
#> 18454 AATGATGGGA 9892145
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#> 18456 AATGATGGTC 90948582
#> 18457 AATGATGTAA 10439854
#> 18458 AATGATGTAT 14407946
#> 18459 AATGATGTCA 83039124
#> 18460 AATGATGTGA 22095357
#> 18461 AATGATGTGC 33340635
#> 18462 AATGATGTGT 1481642
#> 18463 AATGATGTTA 5678243
#> 18464 AATGATGTTC 20403852
#> 18465 AATGATTAAA 5133691
#> 18466 AATGATTATA 82131525
#> 18467 AATGATTCAC 22038165
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#> 18469 AATGATTCTA 55759706
#> 18470 AATGATTGAA 6602007
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#> 18475 AATGATTTCC 21982832
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#> 18479 AATGATTTTA 23540753
#> 18480 AATGATTTTC 18526953
#> 18481 AATGATTTTG 21768081
#> 18482 AATGCAAAAA 21121830
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#> 18495 AATGCAACGT 20362310
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#> 18510 AATGCACACT 194388569
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#> 18790 AATGGACATT 24532653
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#> 18835 AATGGATAGT 10948177
#> 18836 AATGGATATC 146082676
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#> 20529 AATTTGCAAG 13129804
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#> 20558 AATTTGGCCA 18781335
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#> 20560 AATTTGGCCT 15161364
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#> 21619 ACAAGTCGGA 13411488
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#> 21621 ACAAGTCTAA 27694213
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#> 21969 ACACAAGCCT 1623880
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#> 21971 ACACAAGGAC 125858427
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#> 21975 ACACAAGGTA 82112352
#> 21976 ACACAAGGTG 12345449
#> 21977 ACACAAGTAC 2115494
#> 21978 ACACAAGTAT 30212898
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#> 26281 ACCCAGGAGT 19377409
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#> 26483 ACCCCCATCG 66258630
#> 26484 ACCCCCATCT 13332323
#> 26485 ACCCCCATTT 12340630
#> 26486 ACCCCCCACA 112815255
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#> 26488 ACCCCCCAGC 39725704
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#> 26490 ACCCCCCCAC 4888524
#> 26491 ACCCCCCCCC 19754884
#> 26492 ACCCCCCCGC 169234622
#> 26493 ACCCCCCCTC 4606734
#> 26494 ACCCCCCGGC 1512344
#> 26495 ACCCCCCGGG 6133679
#> 26496 ACCCCCCGGT 47035629
#> 26497 ACCCCCCTCA 22807661
#> 26498 ACCCCCCTCT 11287199
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#> 26500 ACCCCCCTGT 6037498
#> 26501 ACCCCCCTTC 84928814
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#> 26503 ACCCCCGAGC 19812443
#> 26504 ACCCCCGAGG 11594513
#> 26505 ACCCCCGAGT 19375184
#> 26506 ACCCCCGATA 52180030
#> 26507 ACCCCCGATG 19007188
#> 26508 ACCCCCGCCC 19357739
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#> 26510 ACCCCCGGCA 52800049
#> 26511 ACCCCCGGGC 90922130
#> 26512 ACCCCCGGGG 21845160
#> 26513 ACCCCCGTGA 24803921
#> 26514 ACCCCCGTGG 23547258
#> 26515 ACCCCCGTTT 10203948
#> 26516 ACCCCCTACA 11944575
#> 26517 ACCCCCTCCA 21174740
#> 26518 ACCCCCTCCC 31874788
#> 26519 ACCCCCTCCT 24802664
#> 26520 ACCCCCTCTA 45748074
#> 26521 ACCCCCTCTC 13743739
#> 26522 ACCCCCTCTG 22837114
#> 26523 ACCCCCTCTT 46186103
#> 26524 ACCCCCTGAA 4850577
#> 26525 ACCCCCTGCC 21845473
#> 26526 ACCCCCTGCT 11616738
#> 26527 ACCCCCTGGT 19896303
#> 26528 ACCCCCTGTA 3957925
#> 26529 ACCCCCTGTT 21794897
#> 26530 ACCCCCTTCC 31874219
#> 26531 ACCCCCTTTT 19205925
#> 26532 ACCCCGAAAG 8409816
#> 26533 ACCCCGAAGA 19809692
#> 26534 ACCCCGAAGC 19121677
#> 26535 ACCCCGACAA 18780520
#> 26536 ACCCCGACAC 38541694
#> 26537 ACCCCGACCC 19895606
#> 26538 ACCCCGACGC 16180978
#> 26539 ACCCCGACTC 82430985
#> 26540 ACCCCGAGAG 20402186
#> 26541 ACCCCGAGCC 19358989
#> 26542 ACCCCGAGGC 66261833
#> 26543 ACCCCGATCT 51585501
#> 26544 ACCCCGATGA 14080490
#> 26545 ACCCCGCAGA 80506990
#> 26546 ACCCCGCAGG 22352378
#> 26547 ACCCCGCCAG 21861472
#> 26548 ACCCCGCCCG 30215700
#> 26549 ACCCCGCCGA 19122293
#> 26550 ACCCCGCCGG 15448043
#> 26551 ACCCCGCGGC 30754124
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#> 26553 ACCCCGCTCC 52088207
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#> 26907 ACCCTCTGCC 28362426
#> 26908 ACCCTCTGCT 10143873
#> 26909 ACCCTCTGGA 18779821
#> 26910 ACCCTCTGTA 83485298
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#> 26913 ACCCTCTGTT 46286323
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#> 26915 ACCCTCTTCC 1376439
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#> 26925 ACCCTGAACT 13531647
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#> 26930 ACCCTGACAG 81221671
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#> 26935 ACCCTGAGAC 19589394
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#> 27073 ACCCTTTAAG 46234683
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#> 27094 ACCGAAACCT 20405766
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#> 27100 ACCGAACCGG 83469573
#> 27101 ACCGAACGAG 14708957
#> 27102 ACCGAACGCC 2702951
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#> 27104 ACCGAACTTG 47070074
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#> 27107 ACCGAAGAGC 11973974
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#> 27109 ACCGAAGGAC 116006099
#> 27110 ACCGAAGGAG 4270988
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#> 27112 ACCGAAGTTA 110623682
#> 27113 ACCGAATCAC 2820301
#> 27114 ACCGAATCAG 18527832
#> 27115 ACCGAATGGA 205360939
#> 27116 ACCGACAACG 21792261
#> 27117 ACCGACAAGG 46551035
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#> 27121 ACCGACAGGA 8059888
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#> 27123 ACCGACCAAT 13909378
#> 27124 ACCGACCAGG 9774456
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#> 27126 ACCGACCCAC 18523599
#> 27127 ACCGACCCCA 18789885
#> 27128 ACCGACCTGA 22275167
#> 27129 ACCGACCTGC 30762121
#> 27130 ACCGACGCAC 22342047
#> 27131 ACCGACGCGC 30285293
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#> 27133 ACCGACGGTT 4735707
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#> 27137 ACCGACTTCA 32232095
#> 27138 ACCGACTTCC 6884617
#> 27139 ACCGACTTGT 13917901
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#> 27150 ACCGAGACCG 51486410
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#> 27153 ACCGAGAGCC 90938168
#> 27154 ACCGAGAGGT 52193642
#> 27155 ACCGAGATAT 43432953
#> 27156 ACCGAGATCG 46846540
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#> 27158 ACCGAGATGC 9893359
#> 27159 ACCGAGCAGT 13532612
#> 27160 ACCGAGCCCA 40285686
#> 27161 ACCGAGCCCT 18392277
#> 27162 ACCGAGCCTT 23272908
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#> 27164 ACCGAGCGGA 19367078
#> 27165 ACCGAGCGGG 12334618
#> 27166 ACCGAGCTAG 22271761
#> 27167 ACCGAGCTCT 22655502
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#> 27169 ACCGAGGAAG 13131406
#> 27170 ACCGAGGAAT 52725356
#> 27171 ACCGAGGACA 82371332
#> 27172 ACCGAGGAGT 47294608
#> 27173 ACCGAGGCCA 10734144
#> 27174 ACCGAGGCCC 78445625
#> 27175 ACCGAGGCGG 15248106
#> 27176 ACCGAGGGAG 11102780
#> 27177 ACCGAGGGCA 21860937
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#> 27179 ACCGAGGGGA 67867698
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#> 27182 ACCGAGGTGG 83445040
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#> 27184 ACCGAGTAGC 47354740
#> 27185 ACCGAGTCAT 19363546
#> 27186 ACCGAGTGCG 15253136
#> 27187 ACCGAGTGCT 5743843
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#> 27189 ACCGAGTTAA 83155219
#> 27190 ACCGAGTTAG 21010556
#> 27191 ACCGAGTTCC 47035341
#> 27192 ACCGATAATA 126670337
#> 27193 ACCGATACCT 32218148
#> 27194 ACCGATACGA 13138913
#> 27195 ACCGATATAG 18513216
#> 27196 ACCGATCAAG 4815505
#> 27197 ACCGATCCCA 13279636
#> 27198 ACCGATCTCC 18508181
#> 27199 ACCGATGAGA 22853699
#> 27200 ACCGATGCTG 14082848
#> 27201 ACCGATGCTT 4683405
#> 27202 ACCGATGGAC 34193945
#> 27203 ACCGATGGAG 83114434
#> 27204 ACCGATGGAT 1099325
#> 27205 ACCGATGGCA 12337802
#> 27206 ACCGATGGGC 15932083
#> 27207 ACCGATGGGG 122937401
#> 27208 ACCGATGTAC 11263373
#> 27209 ACCGATGTCT 19030358
#> 27210 ACCGATGTGC 18499067
#> 27211 ACCGATGTTT 106876990
#> 27212 ACCGATTCAA 30760018
#> 27213 ACCGATTCGA 12610541
#> 27214 ACCGATTCTA 14676629
#> 27215 ACCGATTCTT 13044152
#> 27216 ACCGATTGAT 6476670
#> 27217 ACCGATTGGA 19811060
#> 27218 ACCGCAAACA 13040116
#> 27219 ACCGCAAACC 4982593
#> 27220 ACCGCAAAGG 24531860
#> 27221 ACCGCAACAG 52412172
#> 27222 ACCGCAATCC 15998806
#> 27223 ACCGCAATGC 94721323
#> 27224 ACCGCACAAA 88758566
#> 27225 ACCGCACAAT 46874734
#> 27226 ACCGCACCAC 18770577
#> 27227 ACCGCACCCC 19364925
#> 27228 ACCGCACGGC 18773465
#> 27229 ACCGCAGCCA 46930560
#> 27230 ACCGCAGCCT 21793256
#> 27231 ACCGCAGGCT 157837998
#> 27232 ACCGCAGGGA 13534587
#> 27233 ACCGCAGGGG 24119638
#> 27234 ACCGCAGGTG 19893207
#> 27235 ACCGCAGTGC 39644579
#> 27236 ACCGCAGTGG 46925950
#> 27237 ACCGCATAAG 11594605
#> 27238 ACCGCATTTA 24081086
#> 27239 ACCGCCAACG 30283976
#> 27240 ACCGCCAAGG 34527539
#> 27241 ACCGCCAAGT 46956922
#> 27242 ACCGCCACAG 83542254
#> 27243 ACCGCCACGA 14808197
#> 27244 ACCGCCAGCA 34888814
#> 27245 ACCGCCATCA 18779740
#> 27246 ACCGCCATTC 46625689
#> 27247 ACCGCCCAGC 19811642
#> 27248 ACCGCCCAGT 46235602
#> 27249 ACCGCCCCAT 21775786
#> 27250 ACCGCCCGAG 22341367
#> 27251 ACCGCCCGCA 19370162
#> 27252 ACCGCCCGCC 18781526
#> 27253 ACCGCCCTCC 82423936
#> 27254 ACCGCCCTGG 19902144
#> 27255 ACCGCCGAGC 21856348
#> 27256 ACCGCCGCCA 19122209
#> 27257 ACCGCCGCCG 46954451
#> 27258 ACCGCCGCGG 82377191
#> 27259 ACCGCCGGCA 52722104
#> 27260 ACCGCCGGGC 10937882
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#> 27262 ACCGCCGTGG 68509913
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#> 28306 ACCTTACAAA 46552643
#> 28307 ACCTTACACG 5395905
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#> 29125 ACGCAGGCTA 21179446
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#> 29246 ACGCCGGCCT 15495421
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#> 29248 ACGCCGGCGC 30216704
#> 29249 ACGCCGGGAG 13531542
#> 29250 ACGCCGGGCA 10733625
#> 29251 ACGCCGTAGC 22686474
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#> 29253 ACGCCGTCTC 66272288
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#> 29281 ACGCCTTCGT 19388791
#> 29282 ACGCCTTTAG 19708750
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#> 29293 ACGCGCACCC 13908314
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#> 29323 ACGCGGCAGC 9804648
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#> 29325 ACGCGGCCAT 24948287
#> 29326 ACGCGGCCGG 15939471
#> 29327 ACGCGGCCTG 81206733
#> 29328 ACGCGGCGAG 11258827
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#> 29339 ACGCGGGTTG 93277098
#> 29340 ACGCGGTAGA 11099698
#> 29341 ACGCGGTGAG 11099639
#> 29342 ACGCGGTGAT 9880001
#> 29343 ACGCGGTGCG 46877254
#> 29344 ACGCGTCAAT 12606562
#> 29345 ACGCGTCACT 46266947
#> 29346 ACGCGTCAGG 16001007
#> 29347 ACGCGTGAAT 14654859
#> 29348 ACGCGTGCCA 20405928
#> 29349 ACGCGTGCGA 19374540
#> 29350 ACGCGTGGAA 83147009
#> 29351 ACGCGTGTGA 15937051
#> 29352 ACGCTAGAAG 8154448
#> 29353 ACGCTAGTAA 19617992
#> 29354 ACGCTAGTGG 19128480
#> 29355 ACGCTATGTA 187937175
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#> 30740 ACTAGGCTCA 46278712
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#> 30748 ACTAGGGCAG 187953430
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#> 30754 ACTAGGTAGT 12767232
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#> 32174 ACTGCAACTG 27318108
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#> 32873 ACTGTCCAGT 82352109
#> 32874 ACTGTCCATC 52108682
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#> 32881 ACTGTCCCTG 22829320
#> 32882 ACTGTCCGAC 45702698
#> 32883 ACTGTCCTAA 31445275
#> 32884 ACTGTCCTCA 23532478
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#> 41330 AGCGGTCCGG 14065584
#> 41331 AGCGGTCCGT 13138007
#> 41332 AGCGGTCGGG 11969216
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#> 45725 AGGGCATCAC 24952480
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#> 45735 AGGGCATTTA 24659175
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#> 45740 AGGGCCAAGG 24781443
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#> 45743 AGGGCCACAG 9343658
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#> 45745 AGGGCCACCC 19367634
#> 45746 AGGGCCACCT 46361986
#> 45747 AGGGCCACGC 12614941
#> 45748 AGGGCCACGT 45704489
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#> 45750 AGGGCCACTT 47370401
#> 45751 AGGGCCAGAA 83074718
#> 45752 AGGGCCAGCA 8140684
#> 45753 AGGGCCAGCG 3765232
#> 45754 AGGGCCAGCT 22285239
#> 45755 AGGGCCAGGA 56237024
#> 45756 AGGGCCAGGC 91749679
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#> 45760 AGGGCCATCA 68284451
#> 45761 AGGGCCATCC 19896976
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#> 45765 AGGGCCATTT 5450378
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#> 45767 AGGGCCCACC 5675816
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#> 45770 AGGGCCCAGG 19358374
#> 45771 AGGGCCCATC 45710093
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#> 45778 AGGGCCCCTA 34367472
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#> 45790 AGGGCCGAGG 30284163
#> 45791 AGGGCCGAGT 46234704
#> 45792 AGGGCCGCAC 30284203
#> 45793 AGGGCCGCAT 46277981
#> 45794 AGGGCCGCCC 37181962
#> 45795 AGGGCCGCCG 82050519
#> 45796 AGGGCCGCCT 7022066
#> 45797 AGGGCCGCGC 30282626
#> 45798 AGGGCCGGAG 34782888
#> 45799 AGGGCCGGAT 22268592
#> 45800 AGGGCCGTGC 67871345
#> 45801 AGGGCCGTGG 19706235
#> 45802 AGGGCCGTGT 18788099
#> 45803 AGGGCCGTTA 47275528
#> 45804 AGGGCCTAGA 15756604
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#> 45806 AGGGCCTCAT 13713759
#> 45807 AGGGCCTCCA 24028987
#> 45808 AGGGCCTCCT 19358806
#> 45809 AGGGCCTCGG 7277323
#> 45810 AGGGCCTCTA 11968499
#> 45811 AGGGCCTCTG 9333879
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#> 45817 AGGGCCTGGC 164663744
#> 45818 AGGGCCTGGG 16779996
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#> 45820 AGGGCCTGTC 13333327
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#> 45823 AGGGCCTTCC 16774667
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#> 45826 AGGGCCTTGT 16778270
#> 45827 AGGGCGAAAC 6495653
#> 45828 AGGGCGAACC 14080312
#> 45829 AGGGCGAACG 146011696
#> 45830 AGGGCGAAGG 2713668
#> 45831 AGGGCGACAG 15252458
#> 45832 AGGGCGACCC 46236590
#> 45833 AGGGCGACCT 52110491
#> 45834 AGGGCGACGA 19356406
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#> 45840 AGGGCGCACC 10202473
#> 45841 AGGGCGCAGA 11291619
#> 45842 AGGGCGCAGT 46270238
#> 45843 AGGGCGCCCT 18518882
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#> 45845 AGGGCGCCGT 46927839
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#> 45847 AGGGCGCGGG 20362842
#> 45848 AGGGCGCTCT 46269321
#> 45849 AGGGCGCTGG 126361949
#> 45850 AGGGCGGAGA 24795448
#> 45851 AGGGCGGAGC 154725990
#> 45852 AGGGCGGAGG 38509771
#> 45853 AGGGCGGATG 14051016
#> 45854 AGGGCGGCCA 52239479
#> 45855 AGGGCGGCCC 52414620
#> 45856 AGGGCGGCGC 10933837
#> 45857 AGGGCGGCGG 51482059
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#> 46209 AGGGGTGGGC 12611495
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#> 46213 AGGGGTGTCG 22660155
#> 46214 AGGGGTGTGT 12290503
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#> 46552 AGGTACCCTT 11097469
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